El IAI cuenta con un órgano de dirección colegiado que se encarga de la dirección general, la gestión y el desarrollo estratégico del Instituto. En este órgano están representadas todas las áreas de trabajo del Instituto, así como la administración como estructura central de apoyo.
Los miembros son Barbara Göbel (Directora), Peter Altekrüger (Director de la Biblioteca y Director Adjunto), Peter Birle (Director del Departamento de Investigación), Christoph Müller (Jefe del Departamento de Infraestructura Informática y Colecciones Digitales y Director Adjunto de la Biblioteca) y René Piletzki (Jefe de Administración). Además del órgano colegiado de dirección, se celebran periódicamente reuniones de dirección de departamento y de unidad, así como reuniones de equipo de cada una de las áreas de trabajo. El IAI también participa en las áreas transversales, grupos de trabajo y comités del SPK.
El Consejo Científico supervisa de forma crítica el trabajo del IAI y le asesora en cuestiones estratégicas. Está presidido por Dirk Messner (Presidente de la Agencia Federal de Medio Ambiente) para el período de nombramiento.
En estrecha colaboración con el Consejo Científico, el IAI lleva a cabo evaluaciones periódicas de sus áreas de trabajo, campos de actividad institucionales y redes internacionales. Dichas evaluaciones constituyen una base importante para los procesos estratégicos interdivisionales del Instituto.
Los ejes centrales de la visión y los objetivos para los próximos años se recogen en el documento: «Desarrollo Estratégico del Instituto Ibero-Americano (2022-2026) (PDF, 146,48 KB) (abre una nueva ventana), (este archivo no es accesible)».
El IAI trabaja según los principios de la cooperación y el liderazgo apreciativos y constructivos, para los que son fundamentales la participación, la comunicación, la transparencia y la apertura cultural. Los aspectos relacionados con la diversidad se integran activamente en el trabajo y la gestión del Instituto.